มูลนิธิเด็กโรคหัวใจ เกิดขึ้นในปีพุทธศักราช 2524 โดยกลุ่มของผู้มีจิตศรัทธาในสาธารณประโยชน์ร่วมกับคณะแพทย์ผู้เชี่ยวชาญทางโรคหัวใจเด็ก และด้วยพระกรุณาธิคุณของสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ ที่ทรงรับมูลนิธิฯไว้ในพระอุปถัมภ์เมื่อวันที่ 15 มีนาคม 2527